SGE - Commandes Utiles

SGE est l’ordonnanceur de taches qui permet aux utilisateurs de soumettre leurs jobs. Chaque noeud de calcul execute un daemon sgeexecd pour dialoguer avec le daemon qmaster. Ce dernier permet de tout orchestrer.

Listes des commandes

Seul le role des commandes est decrit, les options de celles-ci etant consultables avec man.

Commandes d’administration

Commande	Explication
`# qconf`	Commande de configuration en mode texte
`# qmon`	Gestion complete du cluster en mode graphique
`# qmod`	Gestion des queues

Commandes de gestion des jobs

Commande	Explication
`# qsub`	Soumission d’un job non interactif
`# qsh`	Soumission d’un job interactif en mode graphique
`# qlogin`	Ouverture d’un session interactive en mode texte
`# qdel`	Suppression d’un job
`# qalter`	Modifier les parametres d’un job
`# qhold`	Bloquer un job en attente
`# qrls`	Liberer un job bloqué
`# qresub`	Dupliquer un job
`# qselect`	Afficher les queues disponibles selon certains critères

Commandes d’information

Commande	Explication
`# qstat`	Affiche les informations sur les jobs
`# qhost`	Affiche la liste des hosts avec leurs charges
`# qacct`	Données sur les jobs terminés du cluster

Commandes utiles

Commande	Explication
`# qstat -u \*`	Voir tous les jobs
`# qstat -s z -u \*`	Voir les jobs recemment terminés
`# qsub -b y sleep 60`	Soumission d’un binaire
`# qstat –t`	Voir sur quels noeuds tournent les jobs parallèles
`# qstat –j <job_id>`	Savoir pourquoi un job ne démarre pas
`# qmod -d <queue>@<noeuds>`	Désactiver un noeud dans une queue
`# qmod -e <queue>@<noeuds>`	Activer un noeud dans une queue
`# qmod -d \*@<noeuds>`	Désactiver un noeud dans toutes les queues
`# qmod -e \*@<noeuds>`	Activer un noeud dans toutes les queues
`# qstat -f`	Connaitre l’etat des noeuds
`# qstat –F`	Lister les variables systèmes de SGE

Exemple de script de soumission

Contenu du fichier test_qsub.sh

#!/bin/bash
#$ -pe mpi 6
#$ -j y
#$ -cwd
#$ -N TESTQSUB
#$ -q all.q
date
./lancetest.sh

A lancer avec la commande qsub test_qsub.sh.

Documentation

http://n0tes.fr/2022/08/10/SGE-Commandes-de-base/
http://n0tes.fr/2022/11/01/SLURM-SGE-Cheat-Sheet/