Pour effectuer des diagnostics et sortir des statistiques sous SLURM, on peut utiliser 3 commandes : # sdiag# sacctmgr show stats# sacctmgr show problem Commande sdiagUtilitéLa commande sdiag permet d’obtenir de nombreuses informations sur : le nombre de jobs (lancés, annulés, terminés, échoués, etc.) les appels RCP et qui les exécute les temps des traitements ExempleExemple de sortie : # sdiagServer thread count: 3Agent queue size: 0Agent count: 0DBD Agent queue size: 0Jobs submitted: 523Jo

Il est possible de paramétrer des queues sous SGE avec la commande qconf. Lister les propriétés des queuesLister toutes les queues : # qconf -sql Détails d’une queue en particulier : # qconf -sq <nom_queue> Configurer une queueAjouter une nouvelle queueAjouter une nouvelle queue (l’éditeur de texte par defaut s’ouvrira pour modifier le modèle prédéfini) : # qconf -aq <nom_Queue> Ajouter une nouvelle queue à partir d’un fichier qui a déjà définie la queue (Le fichier de définition

Parfois il arrive que des utilisateurs aient lancé des jobs sur une queue avec une QOS (de temps) trop courte et que leurs calculs ne puissent pas se finir dans le temps imparti. Pour leur accorder du temps supplémentaire, il faut modifier le TimeLimit à l’aide de la commande scontrol avec un update. Créer une limite de tempsNormalement on définie une QOS valable pour un groupe d’utilisateurs ou pour une queue/noeud mais il est possible de modifier une valeur (ici de temps) au cas par cas. Affic

Dans notre cas nous devons basculer 3 noeuds actuellement sous gestion SGE vers SLURM, les noeuds à basculer sont mynode05, mynode06, mynode07 et mynode08. Administration sous SGEAffichageOn affiche la liste des noeuds sous gestion SGE : # qstat -fqueuename qtype resv/used/tot. load_avg arch state-----------------------------------------------------------------------------allqueue.q@mynode01.hpc BIP 0/13/40 10.72 lx-amd64-----------------------------

Pour observer de plus près le comportement d’un job, on peut utiliser la commandes qstat. Extrait du manL’aide de la commande précise : # qstat --helpusage: qstat [options] [-ext] view additional attributes [-f] full output [-F [resource_attributes]] full output and show (selected) resources of queue(s) [-g c] display cluster queue summary [-g d]

Les commandes qstat et qmod affichent les informations des jobs dans la file d’attente. Les jobs passent généralement par plusieurs statuts au cours de leur exécution. Les statuts typiques sont pending, running, suspending, hold et queue wait : p : pending r : running s : suspending z : zombie qw : queue wait Rq : Re-queue h : hold et h = |hu|ho|hs|hd|hj|h|a| hu : user hold, ho : operator hold hs : system hold hj : job hold a : alarm t : transfering d : deletion z : finished normally

La commande squeue affiche les informations des jobs dans la file d’attente sous forme de plusieurs colonnes dont ST et NODELIST (REASON). La colonne ST indique le statut du job et NODELIST (REASON) donne plus d’informations sur la raison pour laquelle le job n’a pas démarré. # squeueJOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON)10674 n01_25 particule emmetbrown R 17:00 4 n13-[01-04]10668 node quantique martymcfly R 17:45

Pour observer de plus près le comportement d’un job, on peut utiliser les commandes sstat, ssacct, scontrol et même squeue. Extrait du manL’aide des commandes précise : squeue : afficher les informations sur les jobs dans la file d’attente sstat : afficher le status des jobs sacct : afficher les logs des jobs scontrol : afficher/modifier des jobs, noeuds, partitions, réservations, configuration globale Pour annuler un job : scancel : annuler un job Statut des jobs et de la node

Parfois les clusters de calcul subissent de fortes charges, dûes à des résidus de calculs terminés qui peuvent toujours apparaître dans la liste des processus, SGE est censépourvoir gérer ce type de problème grâce au fichier prolog et/ou epilog, situés dans <$SGE_ROOT>/site/ mais les problèmes peuvent persister. Load AverageLe load_avg est une valeur fournie par la commande uptime ou celles du type top, htop, etc. et indique la charge processeur moyenne. La commande qstat affiche également

Pour limiter le nombre de calcul lancé par un utilisateur, il est possible de paramétrer un script dans le fichier prolog de SGE en appelant un autre fichier, ici nomé MaxJobs contenant les restrictions. Fichier de configurationFichier de limitationDans le fichier <$SGE_ROOT>/site/MaxJobs ont ajoute le nombre maximal de jobs qu’un utilisateur peut lancer suivi de son compte en précisant une valeur max par défaut. # cat <$SGE_ROOT>/site/MaxJobs#Nb_job:user8:defaut20:jerry20:jess10:mor

Le dossier <$SGE_ROOT>/site/ comporte un certain nombre de fichiers définissant le comportement de SGE, ce dossier contient également les fichiers prolog et epilog. Fichiers de configurationSi ces fichiers existent et sont définis, ils remplacent la configuration globale par défaut de SGE. Ces fichiers sont un moyen d’automatiser l’exécution des jobs. PrologLe prolog est un script qui est excétuté avant le lancement des jobs sous SGE. Ce fichier permet d’automatiser l’exécution des jobs, c

Parfois un script ne peut pas se lancer car la queue a été paramétrée avec une classe Les classesLes classes sous SGE ? A Job Class is :A set of jobs that are equivalent in some sense and treated similarly.In Sun Grid Engine, Enterprise Edition a job class is defined by the identical requirements of the corresponding jobs and the characteristics of the queues being suitable for those jobs. Manipuler les classesCréé une nouvelle classe en ouvrant un éditeur de texte : # qconf -ajc <job_class

EN COURS ————- Documentation

Vous trouverez ci-dessous un certain nombre d’exemples de scripts pouvant être utilisés comme modèle pour créer vos propres scripts de soumission SLURM. Simple scripts de soumissionLes jobs nécessitent un fichier de script que SLURM interprète et exécute. Le fichier SBATCH contient à la fois des commandes spécifiques à SLURM à interpréter ainsi que des programmes à exécuter. Vous trouverez ci-dessous un exemple simple d’un job pour exécuter un fichier Stata do. ScriptCe fichier est nommé myscrip

Equivalences des commandes SLURM/SGE Commandes utilisateur Explications Commande Slurm Commande SGE Interactive login # srun --pty bash # qlogin # srun -p "part_name" --pty bash # sdev Job submission # sbatch [script file] # qsub [script file] Job deletion # scancel [job_ID] # qdel [job_ID] Job status all # squeue -all # qstat -f Job status # squeue [job_ID] # qstat -u \ * [-j job_ID] Job user status # squeue -u [user name] # qstat [-u user name] Job hold # sco

Il existe quatre composants principaux dans Slurm : le compte Unix, les groupes Unix, les comptes Slurm et les associations Slurm. Sous UnixCompte/utilisateur UnixTout utilisateur doit avoir un compte unix pour s’authentifier à un cluster. Certaines informations sont également associées à ce compte comme le shell par défaut, le $HOME, etc. La commande getent passwd $USER permet d’en savoir plus le compte unix. Groupes UnixChaque compte/utilisateur Unix appartient à au moins un groupe, du même no

Il est possible de spécifier une QOS (Quality Of Service) pour chaque jobs soumis dans Slurm, la commande sacctmgr permet de les gérer. Gérer les QOSManipulation des QOSAjoutAjouter une nouvelle QOS : # sacctmgr add qos ParticuleCalc Ajouter une QOS avec directement des paramètres : # sacctmgr -i add qos high set priority=1000# sacctmgr -i add qos medium set priority=500# sacctmgr -i add qos low set priority=100 AffichageAfficher la QOS ParticuleCalc : # sacctmgr show ParticuleCalc Afficher

Il est possible de spécifier une QOS (Quality Of Service) pour chaque job soumis dans Slurm, la QOS affectera le job de 3 façons : Priorité Préemption Limites C’est la commande sacctmgr permet de gérer la QOS. Quality Of ServicePour changer et activer la QOS, il faut activer le plug-in Multifactor Job Priority en changeant l’option PriorityType à priority/multifactor dans slurm.conf Fichier slurm.conf : # Activate the Multifactor Job Priority Plugin with decay# PriorityType=priority/basicPrio

SGE est l’ordonnanceur de taches qui permet aux utilisateurs de soumettre leurs jobs. Chaque noeud de calcul execute un daemon sgeexecd pour dialoguer avec le daemon qmaster. Ce dernier permet de tout orchestrer. Listes des commandesSeul le role des commandes est decrit, les options de celles-ci etant consultables avec man. Commandes d’administration Commande Explication # qconf Commande de configuration en mode texte # qmon Gestion complete du cluster en mode graphique # qmod Gestion d

Un script en bash pour surveiller vos noeuds sous SLURM, le script vérifie si les noeuds tombent en drain ou drng et les relance automatiquement, il récupère ensuite les logs d’erreurs de SLURM sur le noeud et les place dans LOG_EXPORT_REPOSITORY. Le script est à lancer avec la commande watch : # watch -n <IntervaleSecondes> <CheminScript> Ou dans un cron : # crontab –e*/5 * * * * /root/scripts/Watchnode_SLURM.sh >> /var/log/slurm/custom/nodes.log 2>> /var/log/slurm/cust

SGE est capable de gérer les ACl en interne. Les ACL sont utilisées pour définir des projets auxquels des utilisateurs peuvent avoir accès (ou pas) pour exécuter des tâches. Il est possible de définir ces ACL en fonction des ressources du cluster Pricipe de baseCes ACL contiennent des noms d’utilisateur et de groupes UNIX et sont ajoutées aux listes access-allowed ou access-denied dans les files d’attente (queues) ou dans les environnement parallèle. Les utilisateurs appartenant aux ACL acces

La commande clubak permet de rassembler et d’afficher les résultats de clush et pdsh Documentationhttps://linux.die.net/man/1/clubak

La commande clush permet d’exécuter des commandes sur un cluster. Cette commande est interactive ou peut être utilisé dans un scripts shell. Les fonctionnalités diponibles de clush sont : Modes d’exécution parallèle des commandes pour les clusters : flat mode tree mode Affichage intelligent des résultats : collecte de sortie intégrée, tri par nœud, ensemble de nœuds ou groupes de nœuds Redirection d’entrée standard vers des nœuds distants Coppie de fichiers en parallèle Options rétrocompatibi

La commande nodeset permet de gérer les ensembles et les groupes de noeuds d’un cluster.

Créé à l’origine par l’équipe de développement système HPC Linux du CEA en France, ClusterShell est une bibliothèque de commandes qui permet d’administrer les principaux composants d’un centre de calcul : clusters de calcul, clusters de stockage et fermes de serveurs en fournissant principalement 3 outils d’administration qui, depuis le cluster principal, sont exécutés sur un ou plusieurs noeuds. Les 3 outils sont : nodeset: gérer les ensembles et les groupes de noeuds du cluster clush : exéc

La commande sinfo permets d’afficher des informations comme le statut des noeuds ou des partitions sous SLURM.Cette commande affiche à la fois l’état des noeuds et peut renseigner un complément d’information, le code d’état (*, +, %, etc.) Pour des informations plus détaillées (non troquées), il faut utiliser les options N (--Node), e (--exact) et l (--long), la commande est : # sinfo -Nel Flag d’états possibles des noeuds Flag Description * Le noeud ne répond pas actuellement et ne se ver

Fichiers principaux de SGE Fichiers de logsLes fichiers de logs sous SGE se trouvent : $SGE_ROOT/default/spool/qmaster/messages$SGE_ROOT/default/spool/qmaster/schedd/messages$SGE_ROOT/default/spool/<node>/messages Exemple : /opt/sge/default/spool/qmaster/messages Les panicLogs se trouvent dans : /var/spool/var/tmp/spool Les sorties standards STDOUT/STDERR des jobs utilisateurs sont une bonne ressource pour debug Documentationhttps://linux.die.net/man/8/sge_execdhttps://bioteam.net/wp-c

Fichiers principaux de SLURM Fichiers de configuration Configuration Files Définition acct_gather.conf Slurm configuration file for the acct_gather plugins burst_buffer.conf Slurm burst buffer configuration cgroup.conf Slurm configuration file for the cgroup support ext_sensors.conf Slurm configuration file for the external sensor support gres.conf Slurm configuration file for generic resource management helpers.conf Slurm configuration f

SGE est l’ordonnanceur de taches qui permet aux utilisateurs de soumettre leurs jobs. Chaque noeud de calcul execute un daemon sgeexecd pour dialoguer avec le daemon qmaster. Ce dernier permet de tout orchestrer. Daemons SGE Daemons and Other Définition sgeexecd Sur les noeuds qmaster Sur le master Documentationhttps://pmcs2i.ec-lyon.fr/documentation/run/commands.htmlhttps://hpc.llnl.gov/banks-jobs/running-jobs/slurm-commandshttps://slurm.schedmd.com/man_index.html

SLURM (Simple Linux Utility for Resource Management) est un planificateur de tâches gratuit et open source pour les noyaux de type Linux et Unix, utilisé par de nombreux superordinateurs et grappes d’ordinateurs dans le monde. Daemons SLURM Daemons and Other Définition slurmctld Contrôleur central (généralement un par cluster) - Sauvegarde facultative avec failover automatique - Surveille l’état et les ressources - Gère les queues et les jobs - Contrôleur central (génér

SLURM semble down ? Voici un récapitulatif des vérifications préliminaires. VérificationsSlurm répondExécutez scontrol ping pour vérifier que le serveur maître est joignable : # scontrol pingSlurmctld(primary) at <ServerName> is UP Si la commande indique qu’il répond, il peut s’agir d’un problème de mise en réseau ou de configuration spécifique à un utilisateur ou à un nœud du cluster. Slurm ne répond pasExécutez scontrol ping pour vérifier que le serveur maître est joignable : # scontrol

L’interface utilisateur de ligne de commande de Sun Grid Engine consiste en un jeu de programmes (commandes) auxiliaires qui vous permet de gérer des files d’attente, de soumettre et de supprimer des travaux, de vérifier l’état d’un travail et d’interrompre ou d’activer des files d’attente et des travaux. Le système Sun Grid Engine se sert du jeu de programmes auxilliaires suivant : Commandes Commande Définition qacct extrait des informations de comptabilité arbitraire du fichier journ